Inicia seus estudos de dança aos 12 anos. Em 1982, é incorporado ao Ballet Nacional de España, passando logo a primeiro bailarino, onde é escolhido para interpretar os papéis principais de Las tardes de la Alameda, Los tarantos, o moleiro em El sombrero de tres picos, o Don Juan de Don Juan Tenorio e ainda o Boléro de Ravel, Ritmos, Danza y Tronío e Soleá y Zapateado de Sarasate.

De temperamento irrequieto, penetra em outros campos da dança, que o levam a participar da criação contemporânea Pentesilea, ao lado de Manuela Rodriguez, na "Gala de Dios de Madrid". Na mesma linha protagonizou o balé El forastero de Santiago.

Em 1989 e 1990 foi convidado a participar dos festivais de Kobe, Osaka, Nagoya, Kioto e Tóquio.

No final de 1991 protagonizou, como 1º bailarino, obras de José Granero para o Ballet Español de Madrid: Camino sin retorno, Estamos solos, Reencuentros, etc.

Em 1992 Merche Esmeralda o chama para integrar sua companhia, o Ballet Región de Murcia, como 1º bailarino. Lá interpreta o Jasão de Medea e o califa de El cielo protector.

Em 1993 é contratado pelo Ballet Nacional de España como artista convidado. Na companhia dança os papéis principais do repertório e coreografias montadas especialmente para ele. Em junho é convidado a protagonizar La Farruca de El sombrero de tres picos de Falla, produzido pela RAI e TVE e retransmitido para todo o mundo.

Dança como convidado também no Ballet de Victor Ullate, onde interpreta Carmello de El amor brujo de Manuel de Falla, estreado em 1994 no Teatro de la Maestranza de Sevilha.

Em 1995 Antonio Márquez funda sua própria companhia, a Compañia Antonio Márquez, que se apresentou pela primeira vez no Teatro de la Maestranza na estréia mundial de Movimiento perpetuo, com coreografia de José Granero e música de José Luis Greco.

A turnê italiana empreendida em julho de 1997 valeu-lhe o Prêmio Nureyev, atribuído pela crítica especializada. Com sua companhia protagoniza El sombrero de tres picos na inauguração do Teatro Real de Madri. O êxito o leva a produzir o espetáculo por conta própria: sucesso absoluto na Espanha e no exterior.

Em janeiro de 1998 dá início a uma ampla turnê pela Itália, que se estende a diversas galas na Espanha, ao Festival de Música e Dança realizado no Palácio de Sintra, em Portugal, reunindo artistas de todo o mundo, e que conclui na Itália, onde permanece todo o verão. Em setembro participa com sua companhia da homenagem que assinalou o primeiro aniversário da morte de Lady Diana e do festival "Explosive Dance", também em Londres. O público espanhol outorga-lhe o prêmio de Melhor Profissional de Dança do ano.

Em janeiro de 1999, é contratado pela Ópera de Montecarlo para coreografar a ópera Carmen e para várias apresentações da sua companhia com um espetáculo de flamenco que obtém grande êxito. Em abril leva a coreografia de Carmen para o Teatro Real.

O ano 2000 foi marcado por turnês pelas Itália, Portugal, Áustria, Japão e França, onde coreografa uma nova versão da ópera Don Quixote para a Ópera de Paris.

Em 2001, além da turnê brasileira, apresentou-se na Itália e Estados Unidos. Em 2002 começou o ano com uma grande turnê pelos Estados Unidos, com sucesso astronômico de público e de crítica, além de uma temporada de 43 apresentações completamente lotadas em Paris, no célebre Anfiteatro da Ópera de Paris.

Antonio Márquez e considerado atualmente, pela crítica espanhola, o maior expoente da dança flamenca no mundo